داروخانه بيمارستان فوق تخصصي فرمانيه مجموعه ای واقع در طبقه همكف بیمارستان كه شامل يك بخش بصورت بستري -سرپایی و انبار دارويي كه در طبقه 2-مي باشد. در اين داروخانه فضاهاي مناسب جهت قسمت هاي زير اختصاص يافته است:
۱- مديريت داروخانه
۲- نگهداري داروهاي مخدر
۳- نگهداري داروهاي يخچالي
۴- آماده سازي وتحويل داروهاي بيماران بستري و سرپايي
۵- لوازم پزشكي، بهداشتي و آرايشي
داروخانه بيمارستان مسئوليت تهيه و تامين كليه نيازهاي دارويي.لوازم بهداشتي بيمارستان را عهده دار مي باشد. يك داروساز با مدرك دكترا به عنوان مسئول فني شيفت صبح و عصر، سه تكنسين داروخانه و يك انباردار در اين واحد مشغول خدمت مي باشند. داروخانه داروهاي مورد نياز كليه بخشها و اتاق عمل را تحويل نموده و داروهاي مصرف شده در هر بخش را به صورت روزانه جهت جايگزيني به بخش مربوطه تحويل مي دهد.